Στόχος των πρώτων Κατευθυντήριων Γραμμών ήταν οι διαπραγματεύσεις να διεξαχθούν σε δύο στάδια: πρώτα, να συμφωνηθούν οι όροι του διαζυγίου, δηλαδή η Συμφωνία Αποχώρησης και στη συνέχεια, μετά την έξοδο του Ηνωμένου Βασιλείου από την ΕΕ, να διεξαχθούν οι επίσημες διαπραγματεύσεις για την μελλοντική σχέση των δύο πλευρών.
Από πλευράς της, η βρετανική κυβέρνηση εξέφρασε σαφή προτίμηση για παράλληλη διαπραγμάτευση, τόσο των όρων του διαζυγίου, όσο και των όρων της μελλοντικής σχέσης Ηνωμένου Βασιλείου-ΕΕ. Στόχος της Βρετανικής πλευράς, ειδικά για την μελλοντική σχέση, ήταν η αποχώρηση του Ηνωμένου Βασιλείου από την Ενιαία Αγορά, ο τερματισμός της ελεύθερης κυκλοφορίας προσώπων (πολιτών της ΕΕ) στο εδαφός του, η διακοπή της δικαιοδοσίας του ΔΕΕ στο Ηνωμένο Βασίλειο και η συνομολόγηση μιας νέας ευρείας εμπορικής συμφωνίας ελευθέρων συναλλαγών με την ΕΕ για αγαθά και υπηρεσίες.
Λόγω του ότι το Ηνωμένο Βασίλειο ήταν ακόμη κράτος-μέλος της ΕΕ κατά την έναρξη των διπραγματεύσεων και δεν μπορούσαν, για θεσμικούς και διαδικαστικούς λόγους, να ξεκινήσουν επισήμως διπραγματεύσεις για την μελλοντική συνεργασία των δύο πλευρών πριν την επίσημη έξοδο του από την ΕΕ, ακολουθήθηκε η διαπραγματευτική μέθοδος που πρότεινε η ΕΕ. Στο πλαίσιο αυτό, συγκροτήθηκαν ομάδες διαπραγμάτευσης για τρία θέματα:
- τα δικαιώματα των πολιτών της ΕΕ που ζουν στη Βρετανία και αντίστροφα
- τις εκκρεμείς οικονομικές υποχρεώσεις της Βρετανίας στην ΕΕ μέχρι το τέλος του τρέχοντος προϋπολογισμού της Ένωσης (2014-2020) και
- τα σύνορα μεταξύ Βορείου Ιρλανδίας και Δημοκρατίας της Ιρλανδίας.
Μετά από έξι μήνες διαπραγματεύσεων, τον Δεκέμβριο του 2017, επιτεύχθηκε μερική συμφωνία μεταξύ Ηνωμένου Βασιλείου και ΕΕ για τα ακόλουθα θέματα: (α) μη ύπαρξη σκληρών συνόρων στην Ιρλανδία, (β) πλήρης προστασία των δικαιωμάτων των ήδη διαβιούντων πολιτών του Ηνωμένου Βασιλείου στα κράτη-μέλη της ΕΕ (και των μελών οικογενείας τους) και των ήδη διαβιούντων πολιτών της ΕΕ στο Ηνωμένο Βασίλειο (και των μελών οικογενείας τους ) και (γ) οικονομικός διακανονισμός μεταξύ των δύο πλευρών που θα ανέρχεται σε περίπου 35-39 δισεκατομμύρια ευρώ, τα οποία θα συνεχίσει να καταβάλει το Ηνωμένο Βασίλειο στον προϋπολογισμό της ΕΕ μέχρι την ολοκλήρωση των προγραμμάτων του για την περίοδο 2014-2020.
Τα θέματα αυτά συμπεριελήφθηκαν σε νομικό κείμενο που αποτέλεσε το προσχέδιο της Συμφωνίας Αποχώρησης.
Στη συνέχεια, οι ηγέτες των 27 κρατών-μελών της ΕΕ (Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Άρθρου 50) συμφώνησαν νέες Κατευθυντήριες Γραμμές, ώστε η διαπραγματευτική ομάδα της ΕΕ να προχωρήσει σε διαπραγματεύσεις με το Ηνωμένο Βασίλειο για την μεταβατική περίοδο και σε προκαταρκτικές διαβουλεύσεις για τις μελλοντικές σχέσεις και την πιθανή μελλοντική εμπορική συμφωνία μεταξύ των δύο πλευρών.
Τον Μάρτιο του 2018, το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Άρθρου 50 συναίνεσε στους όρους μεταβατικής περιόδου 21 μηνών (από 29 Μαρτίου 2019 έως 31 Δεκεμβρίου 2020), που συμπεριελήφθησαν στο νομικό κεμείνο της Συμφωνίας Αποχώρησης. Μόνο ουσιαστικό θέμα που έμεινε σε εκκρεμότητα ήταν τα ιρλανδικά σύνορα. Στο πλαίσιο αυτό, το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Άρθρου 50 συμφώνησε στις τρίτες, κατά σειρά, Κατευθυντήριες Γραμμές που αφορούσαν την θέση της ΕΕ για την μελλοντική συνεργασία Ηνωμένου Βασιλείου και Ένωσης.
Στις 13 Νοεμβρίου 2018, οι διαπραγματευτές του Ηνωμένου Βασιλείου και της ΕΕ ολοκλήρωσαν τις διαπραγματεύσεις και συμφώνησαν επί του νομικού κειμένου της (αρχικής) Συμφωνίας Αποχώρησης του Ηνωμένου Βασιλείου από την ΕΕ, καθώς και στο κείμενο της συνοδευτικής (αρχικής) Κοινής Πολιτικής Διακήρυξης για τις μελλοντικές σχέσεις των δύο πλευρών. Την επόμενη ημέρα, η Βρετανή Πρωθυπουργός εξασφάλισε την υποστήριξη του υπουργικού της συμβουλίου για τα δύο κείμενα.
Στις 25 Νοεμβρίου 2018, οι ηγέτες των 27 κρατών-μελών της ΕΕ (Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Άρθρου 50) υποστήριξαν την Συμφωνία Αποχώρησης και την Κοινή Πολιτική Διακήρυξη στα σχετικά Συμπεράσματα του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου Άρθρου 50.
Η κύρωση της Συμφωνίας όμως από το κοινοβούλιο του Ηνωμένου Βασιλείου αποδείχθηκε δύσκολη.